Plateforme big-A

Marion AGUIRREBENGOA

IE
05 61 55 75 65

Présentation

Missions de la Plateforme :

L’utilisation de technologies dites « genome wide » est nécessaire à la poursuite de très nombreux projets. Il était donc essentiel que le CBI se dote d’une plateforme locale pour l’analyse de ces données afin de permettre à tous d’utiliser ces approches qui sont devenues incontournables dans de nombreux champs d’investigation de l’ensemble des équipes du CBI.

Les missions de la plateforme sont multiples :

- Sa première mission est d'accompagner les équipes du CBI dans leurs projets d’analyse à grande échelle en fournissant des conseils en amont pour la mise en place du projet et des objectifs puis un accompagnement pour l’analyse des données avec les utilisateurs concernés.

- Son rôle sera aussi de développer des chaînes de traitements sous forme d'interfaces graphiques conviviales, utiles à tous, en fonction des demandes des utilisateurs.

- Elle sera également en charge de la formation des utilisateurs aux outils existants (Formation interne CBI Biostat/R et Bioinfo/Galaxy) et de l'encadrement d'étudiants en master, propres à la plateforme ou des équipes utilisatrices.

- Elle comprendra également une part de développement d'outils et méthodes pour des projets qui nécessitent une expertise (statistique, mathématique ou bio-informatique) plus avancée (questions complexes, analyses multi-échelles, analyses comparatives et intégrées etc).

- Enfin elle participera à l’organisation du réseau toulousain bio-informatique en concertation avec les plateformes régionales (I2MC, GenoToul INRA, plateforme bio-statistique de l'IMT...) et sera chargé de la veille technologique sur les nouvelles techniques et analyses.

Publications

  • §Muniz L., §Deb M.K. (§co-first authors), Aguirrebengoa M., Lazorthes S., *Trouche D., *Nicolas E .(*co-last authors).
    Control of gene expression in senescence through transcriptional read-through of convergent protein-coding genes
    Cell Reports
    2017 Nov 21(9):2433-2446.
  • Aymard F, Aguirrebengoa M, Guillou E, Javierre BM, Bugler B, Arnould C, Rocher V, Iacovoni JS, Biernacka A, Skrzypczak M, Ginalski K, Rowicka M, Fraser P, Legube G..
    Genome-wide mapping of long-range contacts unveils clustering of DNA double-strand breaks at damaged active genes.
    Nat Struct Mol Biol
    2017 Mar
  • Salifou K, Ray S, Verrier L, Aguirrebengoa M, Trouche D, Panov KI, Vandromme M..
    The histone demethylase JMJD2A/KDM4A links ribosomal RNA transcription to nutrients and growth factors availability.
    Nat Commun.
    2016 Jan 7:10174
  • Caron P, Choudjaye J, Clouaire T, Bugler B, Daburon V, Aguirrebengoa M, Mangeat T, Iacovoni JS, Álvarez-Quilón A, Cortés-Ledesma F, Legube G..
    Non-redundant Functions of ATM and DNA-PKcs in Response to DNA Double-Strand Breaks.
    Cell Reports
    2015 Nov .
  • Lazorthes S, Vallot C, Briois S, Aguirrebengoa M, Thuret JY, St Laurent G, Rougeulle C, Kapranov P, Mann C, Trouche D, Nicolas E..
    A vlincRNA participates in senescence maintenance by relieving H2AZ-mediated repression at the INK4 locus.
    Nat Commun.
    2015 Jan 6:5971

Financements

 

Université Paul Sabatier
118 Route de Narbonne

31062 TOULOUSE Cedex
France

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