Génomique des Systèmes Intégrés

Gwennaele Fichant

Professeur, UPS
05 61 33 58 26

Membres de l'équipe

  Chercheur
  • Yves Quentin
  Enseignant/chercheur
  • Roland Barriot
  Soutien technique
  • Kathy De Sousa
  • Petra Langendyk Genevaux

Présentation

Gwennaele Fichant Yves Quentin Roland Barriot Petra Langendijk-Genevaux

Gwennaele Fichant
Professeur, UPS
Yves Quentin
CR1, CNRS
Roland Barriot
Maître de Conférences
Petra Langendijk-Genevaux
IE, CNRS
Kathy De Sousa
CDD IE, CNRS

 

Notre équipe étudie les mécanismes moléculaires impliqués dans les processus d'adaptation des génomes procaryotes par la génomique comparative et la phylogénomique. Nous développons des stratégies pour identifier, reconstruire et classifier, à partir des séquences génomiques, des assemblages supra-moléculaires fonctionnels et des approches phylogénomiques, basées sur des méthodes de partitionnement de graphes, afin d'identifier les relations évolutives entre gènes / protéines et assemblages. Nous appliquons nos approches pour effectuer des analyses évolutives sur diverses familles de systèmes biologiques. De plus, nous nous intéressons également à la dynamique de l’interaction entre les entités biologiques et étant donné que suffisamment de données expérimentales sont disponibles, nous nous concentrons sur la modélisation dynamique de la régulation dynamique des compétences lors de la transformation bactérienne chez S. pneumoniae.

Projets

Publications

  • Weyder M, Prudhomme M, Bergé M, Polard P, Fichant G..
    Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation
    Front Microbiol
    2018 Jul 9:1637. doi:10.3389/fmicb.2018.01637.
  • Quentin Y, Siguier P, Chandler M, Fichant G..
    Single-strand DNA processing: phylogenomics and sequence diversity of a superfamily of potential prokaryotic HuH endonucleases
    BMC Genomics
    2018 Jun 19(1):475. doi:10.1186/s12864-018-4836-1.
  • Clouet-d'Orval B*, Batista M, Bouvier M, Quentin Y, Fichant G, Marchfelder A, Maier LK.
    Insights into RNA processing pathways and associated-RNA degrading enzymes in Archaea.
    FEMS Microbiol Rev.
    2018 Apr DOI:10.1093/femsre/fuy016
  • El Mortaji L, Aubert S, Galtier E, Schmitt C, Anger K, Redko Y, Quentin Y, De Reuse H..
    The Sole DEAD-Box RNA Helicase of the Gastric Pathogen Helicobacter pylori Is Essential for Colonization.
    MBio. 2018 Mar 27;9(2). pii: e02071-17.
    2018 Mar doi: 10.1128/mBio.02071-17.
  • Jamet S, Quentin Y, Coudray C, Texier P, Laval F, Daffé M, Fichant G, Cam K..
    Evolution of Mycolic Acid Biosynthesis Genes and Their Regulation during Starvation in Mycobacterium tuberculosis.
    J Bacteriol. 2015 Dec; 197(24):3797-811.
    2015 Dec doi: 10.1128/JB.00433-15.

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Financements

     

Anciens membres

Michael CHANDLER
Mathias WEYDER
Arnaud FRECHE
Virginie CALDERON
Claire GAUGAIN
Bénédicte WIRTH
Marie-Jeanne BASSE

Université Paul Sabatier
118 Route de Narbonne

31062 TOULOUSE Cedex
France

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