Présentation
Chez les bactéries, la concentration cellulaire d’un ARN messager, et donc potentiellement le niveau d’expression de la protéine codée pas celui-ci, est déterminé par deux facteurs principaux : la transcription et la stabilité des ARN.
Bien que les processus d’initiation et d’élongation de la transcription soient conservés, la machinerie de dégradation des ARN diffère significativement au sein des eubactéries. A titre d’exemple, chez Escherichia coli la dégradation des ARN est initiée par la RNase E qui possède une activité endo-ribonucléolytique servant de point d’entrée aux exo-ribonucléases 3’-5’. Au contraire, Staphylococcus aureus, comme beaucoup d’autres bactéries pathogènes à Gram-positif, ne possède pas d’homologue de la RNase E mais code pour une endo-ribonucléase, RNase Y, et deux exo-ribonucléases 5’-3’, RNase J1 et J2.
Nos recherches se trouvent au croisement de plusieurs disciplines, telles que la génétique, la microbiologie, la bio-informatique et la biochimie.
A l’aide de techniques des techniques modernes de NGS (Next Generation Sequencing) et de microscopie à fluorescence in vivo, mais aussi de Northern blot et de remplacement allélique, nous étudions les nouvelles voies de régulation en lien avec la dégradation des ARN, ainsi que les réseaux d’interaction les contrôlant.
Nous nous intéressons aux Firmicutes, et tout particulièrement à la bactérie pathogène S. aureus où la modification de la régulation de certains gènes a un fort impact sur la santé humaine. Nous étudions, i) l’activité et le mécanisme moléculaire des RNase J1 et J2 (parmi d'autres) in vivo, pour déterminer leurs clivages avec une précision nucléotidique et à l’échelle globale, ii) comment l’information contenue dans la séquence détermine la demi-vie d’un ARN, et iii) nous examinons la relation tridimensionnelle entre les RNases et leurs cibles à l’intérieur de la cellule.
Publications
- Hausmann S, Guimarães VA, Garcin D, Baumann N, Linder P, Redder P.
Both exo- and endo-nucleolytic activities of RNase J1 from Staphylococcus aureus are manganese dependent and active on triphosphorylated 5'-ends
RNA Biology
2017 Mar - Ardissone S, Redder P, Russo G, Frandi A, Fumeaux C, Patrignani A, Schlapbach R, Falquet L, Viollier PH.
Cell Cycle Constraints and Environmental Control of Local DNA Hypomethylation in α-Proteobacteria
PLoS Genetics
2016 Dec - Prados J, Linder P, Redder P..
TSS-EMOTE, a refined protocol for a more complete and less biased global mapping of transcription start sites in bacterial pathogens.
BMC Genomics
2016 Nov - Armitano J, Redder P, Guimarães VA, Linder P..
An Essential Factor for High Mg(2+) Tolerance of Staphylococcus aureus
Frontiers in Microbiology
2016 Nov - Kirkpatrick CL, Martins D, Redder P, Frandi A, Mignolet J, Chapalay JB, Chambon M, Turcatti G, Viollier PH.
Growth control switch by a DNA-damage-inducible toxin-antitoxin system in Caulobacter crescentus
Nature Microbiology
2016 Feb
