La dynamique moléculaire est à la molécule ce que le film est à la photographie. Comme l’explique Matthieu Chavent (LMGM-CBI) : « le vivant n’est pas statique », c’est en « observant et analysant les mouvements d’une molécule, [que] nous comprenons mieux comment elle fonctionne. » Cette technique de simulation permet donc de comprendre des phénomènes moléculaires allant de la chimie à la physique des matériaux en passant par le développement de médicaments.
La dynamique moléculaire est cependant confrontée à un défi : les simulations informatiques permettent de modéliser des systèmes moléculaires de plus en plus complexes mais requièrent des quantités d’énergie de plus en plus grandes nécessitant l’utilisation d’ordinateurs très puissants (supercalculateurs).
Et s’il était possible de réutiliser les données issues de simulations de dynamique moléculaire pour limiter l’usage des supercalculateurs ? C’est l’objectif du projet MDverse, lauréat du prix « Science ouverte des données de la recherche » en 2024 : cataloguer les données issues de simulations de dynamique moléculaire éparpillées dans différents entrepôts de données ouvertes, et les rendre plus facilement accessibles et réutilisables par la communauté scientifique sans passer par l’étape du calcul sur supercalculateur.
Les chercheurs ont ainsi proposé un prototype de moteur de recherche pour explorer les données issues de ces travaux.
Le projet MDverse sera poursuivi dans le cadre du projet européen LUMEN, pour Linked User- driven Multidisciplinary Exploration Network, officiellement lancé en janvier 2025 et porté par le CNRS auprès de l’European Open Science Cloud (EOSC).
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