PLATEFORME
Responsable plateforme : Aguirrebengoa Marion et Trouche Didier
Présentation
L’utilisation de technologies omiques est nécessaire à la poursuite de très nombreux projets. La plateforme locale big-A dédiée à l’analyse de ces données permettant à tous d’utiliser ces approches qui sont devenues incontournables. Les missions de la plateforme sont :
• Accompagner les équipes du CBI dans leurs projets d’analyse de données omiques en fournissant des conseils pour la mise en place du projet puis un accompagnement pour l’analyse des données.
• Développer des applications sous forme d’interfaces graphiques conviviales, utiles à tous, en fonction des demandes.
• Former les utilisateurs aux outils existants, sous la forme de formation interne CBI et de soutien ponctuel aux utilisateurs. Encadrer des étudiants en master, en stage sur la plateforme ou dans les équipes utilisatrices.
• Participer au développement d’outils et méthodes pour des projets qui nécessitent une expertise plus avancée et automatiser des traitement au travers de chaine de traitement reproductibles.
• Participer au réseau toulousain bioinformatique en concertation avec les plateformes régionales (Genotoul Biostat), à différents groupes de travail et assurer la veille technologique
– Creff J., Nowosad A., Prel A., Pizzocarro A., Aguirrebengoa M., Duquesnes N., Callot C., Jungas T., Dozier C. and Besson A., p57Kip2 acts as a transcriptional corepressor to regulate intestinal stem cell fate and proliferation, Cell Rep, 2023 Jun doi: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.112659. PMID: 37327110
– Cohen S., Guenolé A., Lazar I., Marnef A., Clouaire T., Vernekar D.V., Puget N., Rocher V., Arnould C., Aguirrebengoa M., Genais M., Firmin N., Shamanna R.A., Mourad R., Bohr V.A., Borde V., Legube G., A POLD3/BLM dependent pathway handles DSBs in transcribed chromatin upon excessive RNA:DNA hybrid accumulation, Nature Communication, 2022 Apr
– Personnaz J., Piccolo E., Dortignac A., Iacovoni J.S., Mariette J., Rocher V., Polizzi A., Batut A., Deleruyelle S., Bourdens L., Delos O., Combes-Soia L., Paccoud R., Moreau E., Martins F., Clouaire T., Benhamed F., Montagner A., Wahli W., Schwabe R.F., Yart A., Castan-Laurell I., Bertrand-Michel J., Burlet-Schiltz O., Postic C., Denechaud P.D., Moro C., Legube G., Lee C.H., Guillou H., Valet P., Dray C., Pradère J.P., Nuclear HMGB1 protects from nonalcoholic fatty liver disease through negative regulation of liver X receptor, Science Advances, 2022 Mar
– Aguirrebengoa M. and Ohayon D., Purification of astrocyte subtype based on a double reporter mice approach for downstream transcription profiling, STAR Protocols, 2021 Dec
– Ohayon D., Aguirrebengoa M., Escalas N., Jungas T., Soula C., Transcriptome profiling of the Olig2-expressing astrocyte subtype reveals their unique molecular signature, iScience, 2021 Jul
– Muniz L., Lazorthes S., Delmas M., Ouvrard J., Aguirrebengoa M., Trouche D., Nicolas E., Circular ANRIL isoforms switch from repressors to activators of p15/CDKN2B expression during RAF1 oncogene-induced senescence, RNA Biol., 2021 Mar 18(3):404-420. doi:10.1080/15476286.2020
– Aguillon R., Madelaine R., Aguirrebengoa M., Guturu H., Link S., Dufourcq P., Lecaudey V., Bejerano G., Blader P., Batut J., Morphogenesis is transcriptionally coupled to neurogenesis during peripheral olfactory organ development, Development, 2020 Nov
– Hebras J., Marty V., Personnaz J., Mercier P., Krogh N., Nielsen H., Aguirrebengoa M., Seitz H., Pradere J.P., Guiard B.P., Cavaille J., Reassessment of the involvement of Snord115 in the serotonin 2c receptor pathway in a genetically relevant mouse model, Elife. 2020 Oct 5;9:e60862, 2020 Oct doi: 10.7554/eLife.60862. PMID: 33016258 Free PMC article
– Lamaa A., Humbert J., Aguirrebengoa M., Cheng X., Nicolas E., Côté J., Trouche D., Integrated analysis of H2A.Z isoforms function reveals a complex interplay in gene regulation, Elife, 2020 Feb 28;9. doi: 10.7554/eLife.53375
– Lepesant J.M.J., Iampietro C., Galeota E., Auge B., Aguirrenbengoa M., Merce C., Chaubet C., Rocher V., Haenlin M., Waltzer L., Pelizzola M., Di Stefano L., A dual role of dLsd1 in oogenesis: regulating developmental genes and repressing transposons, Nucleic Acids Research, 2020 Feb 20;48(3):1206-1224, 2020 Feb
– Clouaire T., Rocher V., Lashgari A., Arnould C., Aguirrebengoa M., Biernacka A., Skrzypczak M., Aymard F., Fongang B., Dojer N., Iacovoni J.S., Rowicka M., Ginalski K., Côté J., Legube G., Comprehensive Mapping of Histone Modifications at DNA Double-Strand Breaks Deciphers Repair Pathway Chromatin Signatures, Molecular Cell, 2018 Oct
– Cohen S., Puget N., Lin Y.L., Clouaire T., Aguirrebengoa M., Rocher V., Pasero P., Canitrot Y., Legube G., Senataxin resolves RNA:DNA hybrids forming at DNA double-strand breaks to prevent translocations, Nature Communication, 2018 Feb
– §Muniz L., §Deb M.K. (§co-first authors), Aguirrebengoa M., Lazorthes S., *Trouche D., *Nicolas E .(*co-last authors), Control of gene expression in senescence through transcriptional read-through of convergent protein-coding genes, Cell Reports, 2017 Nov 21(9):2433-2446.
– §Aymard F., §Aguirrebengoa M., §Guillou E., (§co-first authors) Javierre B.M., Bugler B., Arnould C., Rocher V., Iacovoni J.S., Biernacka A., Skrzypczak M., Ginalski K., Rowicka M., Fraser P., Legube G., Genome-wide mapping of long-range contacts unveils clustering of DNA double-strand breaks at damaged active genes, Nat Struct Mol Biol, 2017 Mar
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