• JOUFFRET
  • Virginie
  • ENSEIGNANT·E-CHERCHEUR·EUSE / FACULTY

Laboratoire

  • CBI

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  • CoSysBio Pole de Biologie Computationnelle des Systèmes

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Passionnée par l'analyse de données multi-omiques et le développement d'outils et d'applications, j'ai rejoint l'équipe d'Anna Niarakis en tant qu'enseignante-chercheuse en 2026. Mes travaux de recherche portent sur le développement de modèles informatiques appliqués aux maladies auto-immunes et sur la partie enseignement je vais intervenir de la L2 au M2 sur les UEs dédiées à l'analyse de données et la bioinformatique.  




Après un Master Modélisation et Informatique du Vivant (Lyon 1, 2016), j’ai été ingénieure-chercheuse sur la plateforme de protéomique ProGénoMix pendant 17 mois où j’ai conçu et développé des méthodes d’analyse protéomique (CEA). J'ai développé des pipelines permettant d'identifier les souches microbiennes présentes dans les échantillons et d'évaluer la présence de résistances aux antibiotiques dans le cadre des risques NRBC. J’ai ensuite poursuivi par une mission de développement d’une application web R-Shiny (4 mois) au sein d’un laboratoire de biologie environnementale (LIEC, Metz). Durant mon doctorat (2018-2022), j’ai conçu une méthode d'analyse de données multi-omiques intégrant métaprotéomique, métagénomique et géochimie permettant d'identifier les espèces présentes dans un sol contaminé et analyser leurs rôles (CEA). Par la suite, j’ai rejoint le CBI pour un an. J’étais responsable des activités bioinformatiques et biostatistiques de l’équipe du Dr Trouche. Forte de ces expériences, j’ai été recrutée pour renforcer la plateforme bigA (CBI).

Je fais partie des administratrices du cluster de calcul du CBI (Pluton) et du comité d’organisation des rencontres R-toulouse.




En septembre 2026, j'ai été nommé Maître de Conférence dans la section 65 spécialité Bioinformatique à l'Université de Toulouse et j'ai ainsi rejoint l'équipe Cosysbio dirigée par la Professeure Anna Niarakis.  



Mes coups de coeur ❤️: 


  • Langages: R & Python,

  • Outils: Git, Quarto, Conda & Podman, 

  • Expertises: protéomique, métaprotéomique, métagénomique ainsi que RNA-seq, ChIP-seq, DRIP-seq, scRNA-seq et un peu de HiC,

  • Jeux: Clair Obscur Expedition 33, Horizon Zero Down, Dofus, Diablo IV, etc.


Passionate about multi-omic data analysis and the development of tools and applications, I joined Anna Niarakis’s team as Assistant Professor in 2026. My research focuses on the development of computational models applied to autoimmune diseases, and in my teaching role, I will be teaching on the L2 to M2 courses in the modules dedicated to data analysis and bioinformatics. 



After obtaining a Master's in Modeling and Computer Science for Life Sciences (Lyon 1, 2016), I worked as a research engineer on the ProGénoMix proteomics platform for 17 months, where I designed and developed proteomics analysis methods (CEA). I developed pipelines to identify microbial strains present in samples and assess the presence of antibiotic resistance in the context of NRBC risks. I then continued with a mission to develop a web application using R-Shiny (4 months) within an environmental biology laboratory (LIEC, Metz). During my PhD (2018-2022), I designed a multi-omics data analysis method integrating metaproteomics, metagenomics, and geochemistry to identify the species present in a contaminated soil and analyze their roles (CEA). Subsequently, I joined CBI for a year, where I was responsible for the bioinformatics and biostatistics activities of Dr. Trouche's team. With these experiences, I was recruited to strengthen the bigA platform (CBI).

I am also part of the administrators of the CBI computing cluster (Pluton) and the organizing committee for the R-Toulouse meetings.



In September 2026, I was appointed Assistant Professor in Section 65, specialising in Bioinformatics, at the University of Toulouse, and I join the Cosysbio team led by Professor Anna Niarakis.
 



My favorites ❤️: 


  • Languages : R & Python 

  • Tools : Git, Quarto, Conda & Podman 

  • Expertises : proteomics, metaproteomics, metagenomics, as well as RNA-seq, ChIP-seq, DRIP-seq, scRNA-seq, and a bit of Hi-C.

  • Games : Clair Obscur Expedition 33, Horizon Zero Down, Dofus, Diablo IV, etc.