Jean-Yves Bouet s'est formé en Microbiologie à l'Université de La Rochelle et en Génétique Moléculaire à l'Université de Toulouse, en France. Il a obtenu son doctorat (1992-1996) à l'Université de Toulouse, en étudiant l'organisation du génome bactérien en utilisant Escherichia coli comme bactérie modèle et le bactériophage T4 comme outil pour désorganiser le nucléoïde.
Pour approfondir l'étude de l'organisation et de la ségrégation du chromosome bactérien, il a rejoint le laboratoire du Dr B.E. Funnell à l'Université de Toronto (1996-1999), où il a étudié les mécanismes moléculaires du système de partition du prophage P1 et acquis une expertise en biochimie des protéines.
En 2000, Jean-Yves a rejoint le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) pour étudier les mécanismes moléculaires de la ségrégation du chromosome bactérien. Il a développé des approches en biologie cellulaire ainsi qu'en génétique moléculaire et en biochimie des protéines. Il est devenu responsable d'équipe au LMGM (Laboratoire de Génétique Moléculaire et Microbiologie, Toulouse) en 2011, poursuivant ses recherches dans ce domaine.
Depuis 2021, il co-dirige l'équipe "Dynamique du Génome Bactérien" au CBI (Centre de Biologie Intégrative, Toulouse), se concentrant sur la ségrégation du chromosome bactérien et l'organisation du génome.