Petra Langendijk-Genevaux

Langendijk-Genevaux

Petra

INGÉNIEUR·E / ENGINEER

Laboratoire

LMGM

Équipe

GSI Génomique des Systèmes Intégrés

Mail

Cliquez ici

Téléphone

05 61 33 58 29

Réseaux

Voir

Orcid

Bluesky

Pendant mes études de master aux Pays-Bas, je me suis spécialisée en microbiologie, que j'ai approfondie pendant mes études de doctorat pour caractériser les bactéries sulfato-réductrices orales, parmi lesquelles j'ai identifié une nouvelle espèce chez l'homme, et leurs interactions avec leur hôte. Motivé par les analyses phylogénétiques, j'ai obtenu un second master en bioinformatique à l'Université de Genève, en Suisse. J'ai obtenu un poste permanent chez Swiss-Prot à Genève, où j'ai travaillé dans l'équipe Prosite, me spécialisant dans les domaines protéiques tels que les domaines hélice-tour-hélice et l'annotation semi-automatique des sites fonctionnels dans les enzymes.
En 2010, j'ai rejoint l'équipe Génomique des Systèmes Intégrés du LMGM en tant qu'ingénieur CNRS pour gérer et développer les bases de données de génomes complets de bactéries et d'archées de l'équipe. Nous réalisons des analyses génomiques comparatives en utilisant des approches phylogénomiques. Le principal intérêt de recherche de notre équipe est d'utiliser les données génomiques pour élucider l'histoire évolutive (gènes ancestraux, transferts horizontaux de gènes, gains/pertes de gènes) qui a façonné des processus cellulaires clés. En tant que spécialiste de l'analyse des séquences de protéines, je fournis également des informations fonctionnelles sur les gènes pour les travaux expérimentaux. Mes organismes modèles préférés sont les bactéries et les archées, mais j'étudie également les espèces eucaryotes, y compris l'homme.
J'ai réalisé l'analyse phylogénomique des hélicases impliquées dans le métabolisme de l'ARN chez les archées, dans le cadre d'un projet ANR en collaboration avec l'équipe RNA Biology in Archaea (Clouet-d'Orval). Dans un projet collaboratif avec l'équipe de P. Redder, j'étudie les hélicases impliquées dans le métabolisme de l'ARN chez le pathogène Staphylococcus aureus et d'autres Bacillota. Dans un nouveau projet de collaboration, nous étudions les régulateurs anti-adaptateurs dans des souches d'E. coli, pathogènes ou provenant de divers environnements.

Dans CBI 1point5 - mobilité je suis référente des vélos partagés du CBI, d'Allons-y à vélo et du Digital Cleanup Day.

References Pubmed - Citations google scholar - Orcid - ResearcherID - Research gate - LinkedIn - Thèse

During my Master studies in the Netherlands, I specialized in microbiology, which I deepened during my PhD studies to characterize oral sulfate-reducing bacteria, among which I identified a new species in humans, and their interactions with their host. Motivated by the phylogenetic analyses, I obtained a second master’s degree in bioinformatics at the University of Geneva, Switzerland. I got a permanent position at Swiss-Prot in Geneva, where I worked in the Prosite team, specializing in protein domains such as helix-turn-helix domains and semi-automated annotation of functional sites in enzymes.
In 2010, I joined the LMGM Genomics of Integrated Systems team as a CNRS engineer to manage and develop the team’s databases of complete bacterial and archaeal genomes. We perform comparative genomic analyses using phylogenomic approaches. The main research interest of our team is to use genomic data to elucidate the evolutionary history (ancestral genes, horizontal gene transfers, gene gains/losses) that shaped key cellular processes. As a specialist in protein sequence analysis, I also provide functional information on genes for experimental work. My favorite model organisms are bacteria and archaea, but I also study eukaryotic species, including humans.
I carried out the phylogenomic analysis of helicases involved in RNA metabolism in archaea, in an ANR project in collaboration with the RNA Biology in Archaea team (Clouet-d'Orval). In a collaborative project with P. Redder's team, I am studying the helicases involved in RNA metabolism in the pathogen Staphylococcus aureus and other Bacillota. In a new collaborative project, we are studying anti-adapter regulators in E. coli strains, pathogenic or from diverse environments.

In CBI 1point5 - mobility, I co-organize the CBI's shared bicycles, Allons-y à vélo and Digital Cleanup Day.

References Pubmed - Citations google scholar - Orcid - ResearcherID - Research gate - LinkedIn - Thesis