Équipe

OncoRib

Ribosomes en conditions normales et pathologiques

Responsable d’équipe : Plisson-Chastang Célia

Présentation

Notre objectif est de caractériser les liens qui existent entre les ribosomes et la destinée des cellules, en conditions normales et pathologiques.

Les ribosomes sont des machines moléculaires universelles, qui traduisent l’ARNm en protéines. Au travers de leur fonction (la traduction), mais aussi grâce à leurs processus d’assemblage, les ribosomes se trouvent au coeur de la régulation des gènes, et ainsi de la destinée et de l’homéostasie cellulaires. Nous développons une approche intégrée, combinant des méthodologies structurales et fonctionnelles, pour caractériser les liens entre les ribosomes et le destin cellulaire dans des conditions normales et pathologiques, en particulier au cours des mécanismes du cancer. Notre objectif global est de fournir une description fondamentale de ces processus oncogéniques, dans l’optique de développer de nouveaux marqueurs pronostiques ou des stratégies thérapeutiques pour des types de cancer particuliers

Projet 1

On a longtemps pensé que pour toutes les cellules d’un même organisme, les ribosomes fonctionnaient tous de la même façon et avaient une composition et des capacités de production strictement identiques. Cependant, cette vision quelque peu monolithique a évolué, et il est désormais clairement établi que l’hétérogénéité de la composition des ribosomes permet la régulation différentielle de la traduction de certains ARNm, ce qui peut, à son tour, influencer directement le destin de la cellule. Ces dernières années, des mutations somatiques de protéines ribosomiques ont été clairement identifiées comme des facteurs oncogéniques. Cela montre l’importance de caractériser en détail la production et l’activité des particules ribosomiques, dans des conditions normales et pathologiques, afin de comprendre l’impact des ribosomes dans les mécanismes cancéreux.

Afin de comprendre comment ces mutations peuvent déclencher des effets oncogéniques, nous focalisons nos recherches sur des ribosomes portant soit des mutations ponctuelles du domaine C-terminal de la protéine RPS15, que l’on trouve fréquemment chez les patients souffrant de leucémie lymphocytaire chronique (LLC), soit une délétion de RPL22, retrouvée dans la leucémie lymphoïde aiguë à cellules T (LLA-T), ainsi que dans des cancers de l’endomètre, colorectal et gastrique. Nous combinons des analyses de cryo-microscopie électronique cryo-EM avec des approches biochimiques, et fonctionnelles et multi-omiques pour comprendre si et comment ces « onco-ribosomes » mutants peuvent traduire les processus cancéreux

Projet 2

Afin de maintenir une capacité de prolifération élevée, la plupart des cellules cancéreuses sont dépendantes d’un niveau élevé de production de ribosomes. Ainsi, de nombreux agents chimiothérapeutiques empêchent la synthèse de ribosomes, et ceci est perçu par les cellules comme un stress, dit « stress nucléolaire » (SN). Celui-ci déclenche une série de voies de signalisation, dépendantes ou indépendantes de la protéine p53, qui aboutissent finalement à l’arrêt du cycle cellulaire ou à l’apoptose (l’auto-destruction des cellules). La particule 5S, un sous-complexe de la particule ribosomique, joue un rôle central dans la réponse au SN. En cas de défaut d’assemblage des ribosomes, les particules 5S s’accumulent sous forme libre. Ces 5S libres peuvent séquestrer et inhiber la protéine MDM2, ce qui favorise la stabilisation de p53. Ces particules 5S sont donc d’une grande importance pour le développement de cancers, et la réponse des tumeurs aux chimiothérapies. Elles sont également importantes pour des maladies génétiques rares qui touchent la synthèse des ribosomes, regroupées sous le nom de ribosomopathies.

Notre objectif est de caractériser les fonctions moléculaires de ces particules 5S dans les cellules ; nous voulons comprendre leur mode de régulation, et explorer leur potentiel de ciblage dans des thérapies innovantes. Pour ce faire, nous utilisons une approche multidisciplinaire, en combinant des modèles de levure et de lignées cellulaires humaines avec une caractérisation biochimique, fonctionnelle et structurale in vitro, facilitée par l’expertise en cryo-EM au sein de notre équipe. Dans le cadre de ce projet, nous avons récemment identifié un nouveau partenaire de ces particules, la protéine SURF2, qui participe à la régulation des RNP 5S et du devenir des cellules, et nous caractérisons activement son rôle (Tagnères et al., 2024).

Membres de l'équipe

– Tagnères S, Santo PE, Radermecker J, Rinaldi D, Froment C, Provost Q, Bongers M, Capeille S, Watkins N, Marcoux J, Gleizes PE, Marcel V, Plisson-Chastang C, Lebaron S. SURF2 is a MDM2 antagonist in triggering the nucleolar stress response. Nat Commun. 2024 Sep 27;15(1):8404. doi: 10.1038/s41467-024-52659-x.

– Khreiss A, Capeyrou R, Lebaron S, Albert B, Bohnsack KE, Bohnsack MT, Henry Y, Henras AK, Humbert O.
The DEAD-box protein Dbp6 is an ATPase and RNA annealase interacting with the peptidyl transferase center (PTC) of the ribosome.
 Nucleic Acids Research 
2023 Jan

– Dos Santos Morais R, Santo PE, Ley M, Schelcher C, Abel Y, Plassart L, Deslignière E, Chagot ME, Quinternet M, Paiva ACF, Hessmann S, Morellet N, M F Sousa P, Vandermoere F, Bertrand E, Charpentier B, Bandeiras TM, Plisson-Chastang C, Verheggen C, Cianférani S, Manival X.
Deciphering cellular and molecular determinants of human DPCD protein in complex with RUVBL1/RUVBL2 AAA-ATPases 
J Mol Biol .
2022 Oct 434(19):167760

– Bortolin-Cavaillé ML, Aurélie Q, Supuni TG, Thomas JM, Sas-Chen A, Sharma S, Plisson-Chastang C, Vandel L, Blader P, Lafontaine DLJ, Schwartz S, Meier JL, Cavaillé J. Probing small ribosomal subunit RNA helix 45 acetylation across eukaryotic evolution
 Nucleic Acids Res.
2022 Jun 1:gkac404. doi: 10.1093/nar/gkac404. Online ahead of print. PMID: 35648437

– Lebaron S, O’Donohue MF, Smith SC, Engleman KL, Juusola J, Safina NP, Thiffault I, Saunders CJ, Gleizes PE.
Functionally impaired RPL8 variants associated with Diamond-Blackfan anemia and a Diamond-Blackfan anemia-like phenotypeHum Mutat, 43:389-402
2022 Mar

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