Virginie JOUFFRET | CBI Toulouse

JOUFFRET

Virginie

INGÉNIEUR·E / ENGINEER

Laboratoire

Équipe

Mail

Cliquez ici

Téléphone

0561557565

Réseaux

Voir

Orcid

Passionnée par l'analyse de données multi-omiques et le développement d'outils et d'applications, j'apporte mon expertise en bioinformatique et biostatistique sur la plateforme bigA (bureau 2036) au CBI ! Si vous avez un projet, une question ou pour encadrer/aider un étudiant venez nous voir !

Après un Master Modélisation et Informatique du Vivant (Lyon 1, 2016), j’ai été ingénieure-chercheuse sur la plateforme de protéomique ProGénoMix pendant 17 mois où j’ai conçu et développé des méthodes d’analyse protéomique (CEA). J'ai développé des pipelines permettant d'identifier les souches microbiennes présentes dans les échantillons et d'évaluer la présence de résistances aux antibiotiques dans le cadre des risques NRBC. J’ai ensuite poursuivi par une mission de développement d’une application web R-Shiny (4 mois) au sein d’un laboratoire de biologie environnementale (LIEC, Metz). Durant mon doctorat (2018-2022), j’ai conçu une méthode d'analyse de données multi-omiques intégrant métaprotéomique, métagénomique et géochimie permettant d'identifier les espèces présentes dans un sol contaminé et analyser leurs rôles (CEA). Par la suite, j’ai rejoint le CBI pour un an. J’étais responsable des activités bioinformatiques et biostatistiques de l’équipe du Dr Trouche. Forte de ces expériences, j’ai été recrutée pour renforcer la plateforme bigA (CBI).

Je fais partie des administratrices du cluster de calcul du CBI (Pluton) et du comité d’organisation des rencontres R-toulouse.

Mes coups de coeur ❤️:

Langages : R & Python
Outils : Git, Quarto, Conda & Podman
Expertises: protéomique, métaprotéomique, métagénomique ainsi que RNA-seq, ChIP-seq, DRIP-seq, scRNA-seq et un peu de HiC

Passionate about multi-omics data analysis and the development of tools and applications, I bring my expertise in bioinformatics and biostatistics to the bigA platform (office 2036) at CBI! If you have a project, a question, or if you want to mentor/help a student, come see us!

After obtaining a Master's in Modeling and Computer Science for Life Sciences (Lyon 1, 2016), I worked as a research engineer on the ProGénoMix proteomics platform for 17 months, where I designed and developed proteomics analysis methods (CEA). I developed pipelines to identify microbial strains present in samples and assess the presence of antibiotic resistance in the context of NRBC risks. I then continued with a mission to develop a web application using R-Shiny (4 months) within an environmental biology laboratory (LIEC, Metz). During my PhD (2018-2022), I designed a multi-omics data analysis method integrating metaproteomics, metagenomics, and geochemistry to identify the species present in a contaminated soil and analyze their roles (CEA). Subsequently, I joined CBI for a year, where I was responsible for the bioinformatics and biostatistics activities of Dr. Trouche's team. With these experiences, I was recruited to strengthen the bigA platform (CBI).

I am also part of the administrators of the CBI computing cluster (Pluton) and the organizing committee for the R-Toulouse meetings.

My favorites ❤️:

Languages: R & Python
Tools: Git, Quarto, Conda & Podman
Expertise: proteomics, metaproteomics, metagenomics, as well as RNA-seq, ChIP-seq, DRIP-seq, scRNA-seq, and a bit of Hi-C.