Offres de stage

Le CBI Toulouse offre des stages aux niveaux Licence et Master. Les étudiants intéressés sont avisés de consulter les pages des équipes d'accueil et de contacter directement les chercheurs concernés.

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Team : Payre

Team : Pinto Teixeira

Dendritic size development in the fly visual motion detection circuit

Durée : Master's Internship
Date de début : 2021-09-01
Equipe : Pinto Teixeira
Niveau : M2

Master’s student position in Neural Circuit Development

 

The successful candidate will work in the Neural Circuit Development Lab at the Center for Integrative Biology (CBI) in Toulouse, on a project aimed at studying neural circuit assembly during development.

The project

Establishing dendritic arbors with the appropriate sizes and shapes is critical for proper wiring of the central nervous system. In the fly, as in the human eye, dedicated sets of neurons extract the direction of image motion from specific points in the visual word. Such local motion detectors are known as T4/T5 neurons in the fly. Some T4/T5 neurons are sensitive to a stimulus presented to the eye moving from left to right, others top to bottom, and so forth. To compute motion, each neuron must compute information from neighboring points in the visual space. T4/T5 neurons achieve this by extending their dendrites across small regions of the fly optic lobe to receive signals from various presynaptic partners that relay information from neighbouring points in the visual space. As such, the size of each T4/T5 dendrite is poised to establish the neuron’s acuity and local motion resolution. 

We have used scRNAseq to profile developing T4/T5 neurons. This offered us candidate genes involved in establishing the size of each T4/T5 dendritic arbor. Departing from this dataset you will use sophisticated genetics and advanced live imaging approaches, to study how dendrite size is regulated to achieve wiring specificity and establish visual motion detection in the fly.

Profile

We are seeking a highly motivated, enthusiastic, creative and friendly individual to join our growing team. The candidate should have a strong interest in neural differentiation, neural circuit formation and developmental neurobiology.

Interested applicants please address applications, including a personal statement, CV and the contact of two referees to filipe.pinto-teixeira@univ-tlse3.fr.

 

The lab

The Neural Circuit Development Lab is a young and international lab. We are generously funded by the Fondation Bettencourt Schueller, ATIP-AVENIR, CNRS, University Paul Sabatier and the CBI.

The lab is housed at the CBI brand new building. The CBI is a multidisciplinary institute comprising 40 research teams, including a community of 9 fly labs. The Neural Circuit Development Lab is at the crossroads between the Stem Cells and Development Biology, and Molecular and Cellular Neurobiology Programs.

 

For more information please visit www.pintoteixeiralab.com




Analyse bio-informatique des fonctions du facteur OvoL/Shavenbaby dans les cellules souches adultes.

Durée : 6 mois
Date de début : 2021-01-01
Equipe : Payre
Niveau : M2

Les facteurs de transcription OvoL émergent comme des régulateurs majeurs de l’organisation épithéliale, fréquemment dérégulés dans les cancers. Cette famille a été initialement identifiée chez la drosophile, dont l’unique membre, Shavenbaby (Svb), gouverne la différenciation de l’épithélium épidermique au cours du développement [1]. Shavenbaby est synthétisé sous la forme d’un long répresseur de transcription, SvbREP. En réponse aux hormones stéroïdes, les peptides Polished-rice déclenchent une maturation de la protéine Shavenbaby par dégradation limitée. Cette maturation aboutit à la production d’une forme plus courte, SvbACT, qui agit comme activateur de transcription[2,3].

Des études récentes de l’équipe révèlent le rôle clé de Shavenbaby pour le contrôle des cellules souches adultes, qui assurent l’homéostasie du système digestif [4,5]. La régénération de l’intestin adulte résulte de l’activité de cellules souches intestinales (CSI) qui, en fonction des besoins, vont proliférer et se différencier progressivement en entérocytes (EC). Si SvbACT favorise la survie et la prolifération des cellules souches, SvbREP déclenche la différenciation et maintient le caractère épithélial des entérocytes.

Notre objectif est de caractériser l’antagonisme fonctionnel des facteurs SvbACT et REP au sein du tissu intestinal adulte. Nous venons de réaliser des expériences de RNA-seq pour définir l’impact de SvbACT et REP sur l’expression génique dans les SCIs et les ECs. Cette étude sera complétée par des expériences de ChIP-seq pour identifier l’ensemble des sites de fixation génomique de SvbACT et REP et définir leurs gènes cibles directs.

Le but du stage de recherche est donc de :

  • Réaliser par approche de classification non supervisée l’identification des gènes dont l’expression est modifiée par SvbACT et REP dans les SCIs et ECs (analyse des données RNA-seq),
  • Analyser les profils de fixation génomique de SvbACT et REP (données ChIP-seq),
  • Identifier les gènes cibles directs de SvbACT et REP (intégration de données).

 

 

Environnement de travail : 

Le stage se déroulera au sein de l’équipe « Control of cell shape remodeling » au Centre de Biologie Intégrative de Toulouse. L’étudiant travaillera avec Alexandra Mancheno-Ferris (doctorante issue de la formation Bio-informatique Parcours Bio-informatique et biologie des systèmes BBS) sous la responsabilité de Cédric Polesello (CNCR-CNRS).

 

Profil attendu : 

Etudiant-e de Master 2 ayant des connaissances en analyse de données génomiques, transcriptomique et métagénomique. 

Des bases en programmation (Python ; R) et une maitrise de l’environnement Unix/Linux sont demandées.

Des connaissances de base en biologie expérimentale seront un plus. 

 

Références:

1. Chanut-Delalande H, Fernandes I, Roch F, et al. Shavenbaby couples patterning to epidermal cell shape control. PLoS Biology 2006 ; 4 : 1549–1561.

2. Kondo T, Plaza S, Zanet J, et al. Small peptides switch the transcriptional activity of shavenbaby during drosophila embryogenesis. Science 2010 ; 329 : 336–339.

3. Zanet J, Benrabah E, Li T, et al. Pri sORF peptides induce selective proteasome-mediated protein processing. Science2015 ; 349 : 1356–1358.

4. Bohere J, Mancheno-Ferris A, Akino K, et al. Shavenbaby and Yorkie mediate Hippo signaling to protect adult stem cells from apoptosis. Nature Communications ; 2018

5. Hayek S al, Alsawadi A, Kambris Z, et al. Shavenbaby protein isoforms orchestrate the self-renewal versus differentiation of Drosophila intestinal stem cells. bioRxiv 2019 ; 627554.

 

 




Université Paul Sabatier
118 Route de Narbonne

31062 TOULOUSE Cedex
France

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