Flux des ARN et la régulation génique chez Staphylococcus aureus

Peter Redder

PR UPS
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Membres de l'équipe

  LMGM  Enseignant-chercheur

Thèmes de recherche

Présentation

Chez les bactéries, la concentration cellulaire d’un ARN messager, et donc potentiellement le niveau d’expression de la protéine codée pas celui-ci, est déterminé par deux facteurs principaux : la transcription et la stabilité des ARN. 
Bien que les processus d’initiation et d’élongation de la transcription soient conservés, la machinerie de dégradation des ARN diffère significativement au sein des eubactéries. A titre d’exemple, chez Escherichia coli la dégradation des ARN est initiée par la RNase E qui possède une activité endo-ribonucléolytique servant de point d’entrée aux exo-ribonucléases 3’-5’. Au contraire, Staphylococcus aureus, comme beaucoup d’autres bactéries pathogènes à Gram-positif, ne possède pas d’homologue de la RNase E mais code pour une endo-ribonucléase, RNase Y, et deux exo-ribonucléases 5’-3’, RNase J1 et J2.
Nos recherches se trouvent au croisement de plusieurs disciplines, telles que la génétique, la microbiologie, la bio-informatique et la biochimie.
A l’aide de techniques des techniques modernes de NGS (Next Generation Sequencing) et de microscopie à fluorescence in vivo, mais aussi de Northern blot et de remplacement allélique, nous étudions les nouvelles voies de régulation en lien avec la dégradation des ARN, ainsi que les réseaux d’interaction les contrôlant.
Nous nous intéressons aux Firmicutes, et tout particulièrement à la bactérie pathogène S. aureus où la modification de la régulation de certains gènes a un fort impact sur la santé humaine. Nous étudions, i) l’activité et le mécanisme moléculaire des RNase J1 et J2 (parmi d'autres) in vivo, pour déterminer leurs clivages avec une précision nucléotidique et à l’échelle globale, ii) comment l’information contenue dans la séquence détermine la demi-vie d’un ARN, et iii) nous examinons la relation tridimensionnelle entre les RNases et leurs cibles à l’intérieur de la cellule.

Publications

  • Boufafa M, Kadri S, Redder P, Bensouilah M. .
    Occurrence and distribution of fecal indicators and pathogenic bacteria in seawater and Perna perna mussel in the Gulf of Annaba (Southern Mediterranean).
    Environ Sci Pollut Res Int. 2021 Sep;28(33):46035-46052.
    2021 Sep doi: 10.1007/s11356-021-13978-4.
  • Guimarães VA, Le Scornet A, Khemici V, Hausmann S, Armitano J, Prados J, Jousselin A, Manzano C, Linder P, Redder P. .
    RNase J1 and J2 Are Host-Encoded Factors for Plasmid Replication.
    Front Microbiol. 2021 May 4;12:586886.
    2021 May doi: 10.3389/fmicb.2021.586886. PMID: 34017314; PMCID: PMC8129170.
  • Sierra R, Prados J, Panasenko OO, Andrey DO, Fleuchot B, Redder P, Kelley WL, Viollier PH, Renzoni A.
    Insights into the global effect on Staphylococcus aureus growth arrest by induction of the endoribonuclease MazF toxin
    Nucleic Acids Res.
    2020 Sep doi: 10.1093/nar/gkaa617. PMID: 32735661; PMCID: PMC7470975.
  • Trachsel E, Redder P, Linder P, Armitano J..
    Genetic screens reveal novel major and minor players in magnesium homeostasis of Staphylococcus aureus
    PLoS Genet
    2019 Aug
  • Le Scornet A, Redder P.
    Post-transcriptional control of virulence gene expression in Staphylococcus aureus
    Biochim Biophys Acta
    2019 Jul

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