Service Ingénierie Génétique (SIG)

Catherine Turlan

IR CNRS
05 61 33 58 80

Membres de l'équipe

  Ingénieur d'études  Ingénieur de recherches  Enseignant-chercheur  Soutien technique
  • Anne-Marie Cirinesi
  Doctorant
  • Tiraput Poonpanichakul
  Etudiant en Master
  • Clementine Rossignol

Thèmes de recherche

    Présentation

    Pour nous contacter par mail : Alias SIG

     

    Créé en 2016, le Service d'ingénierie génétique (SIG) est chargé de développer, au Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaire (LMGM, UMR 5900), un pôle de compétences technologiques focalisé sur la manipulation du génome bactérien.
        En 2023, le service fusionne avec celui de l’IPBS afin d’étendre le domaine des expertises et pouvoir augmenter le nombre de projets pris en charge pour les équipes de recherche des laboratoires publics ou privés.
        Le service propose aux communautés scientifiques académiques et industrielles des approches d’Ingénierie Génétique Procaryote en solutions à leurs différentes problématiques.

    Personnel du Service

    Catherine Turlan IR CNRS

    Nathalie Eynard MC Biochimie UT3

    Anne-Marie Cirinesi T CNRS

    Kamila Belhabich-Baumas (20%) IE CNRS

     

    Wladimir Malaga IE CNRS

     

    Missions du Service

    • Développer et assurer une compétence technologique de manipulation du génome bactérien, ingénierie de souches, veille technologique, developpement de nouveaux outils moléculaires de modification du génome bactérien
    • Prestation de services/Projets en collaboration avec les équipes des laboratoires publics ou privés de recherche.
    1. Après l’évaluation de la faisabilité du projet et la définition de la stratégie à adopter, le cadre du projet, ainsi que l'évaluation des coûts, seront établis.
    2. Le service réalise ensuite le développement des outils moléculaires adaptés par les méthodes appropriées.
    3.  Ce developpement peut être associé à la formation de personnels des équipes (titulaires, doctorants, post-doctorants, BTS, licence pro, master)
    • Assurer des missions de formation

     

    Expertises et services

    • Microbiologie des souches bactériennes NSB1 - NSB2 - NSB3.

    • génie génétique:

      • Mutagenèse par transposition ou échange allélique à l'aide de méthodes classiques ou plus avancées.

      • Recombineering (λ Red) avec ADN simple ou double brin.

      • Édition du génome ou répression transcriptionnelle avec la technologie CRISPR/Cas.

      • Approches modernes dans l'inactivation ou la fusion avec un rapporteur de gène cible.

      • Construction de librairies d'ADN génomique pour le criblage génétique.

    • Identification de mutations à l'aide de techniques génétiques ou NGS (séquençage réalisé hors du service).

    • Assemblage de génome post séquençage NGS.

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    Projets 2023:

    - Utilisation de la librairie de plasmides ASKA pour la recherche de gènes suppresseurs d’un mutant chez E. coli.

    • Collaboration avec Cécile Albenne, équipe Regulation et Transport des protéines à travers les membranes cellulaires (R. Ieva), LMGM/CBI-CNRS/UPS

    - Ingénierie génétique chez Streptococcus agalactiae

    • Technologie:  "Edition" de génome par recombinaison, BSL2
    • Collaboration avec la Dr Marie Yang (Université de Liverpool, UK)
    • Formation de Tiraput Poonpanichakul, doctorant Université de Liverpool, UK (6 mois)

    - Conception d'un système expérimental de type CRISPRa (CRISPR activation) pour induire l’expression de gènes chez E. coli.

    • Technologies : clonages par restriction ou recombinaison de fragments PCR, λ RED, CRISPR
    • Collaboration avec la Dr M. Cocaign Bousquet, Equipe BLADE, Toulouse Biotechnology Institute (TBI) Toulouse
    • Formation de Clémentine Rossignol (M2 BDM-UT3), 6 mois

    - Délétion de gènes dans une souche E. coli origami B (DE3)

    • Technologies : "Edition" de génome par recombinaison, CRISPR
    • Collaboration avec l'équipe du Dr Nicolas Mano, Centre de Recherche Paul Pascal (CRPP-UMR 5031), Pessac
    • Formation de Louise Badruna et Sébastien Gounel (CRPP, Pessac)

     - Etiquetage chromosomique de protéines du système FAS-II mycobactérien :

    • Technologie CRISPR, BSL2-BSL3
    • Collaboration avec Fabienne Bardou et Annaik Quémard, équipe de biophysique structurale (L. Mourey) IPBS-CNRS/UPS
    • Formation de Yasmine Hamchaoui, doctorante IPBS-CNRS/UPS

    - Organisation de complexes protéiques chez S. aureus

    • Technologies : Etiquetage chromosomique de protéines du complexe RNase chez Staphylococcus aureus
    • Collaboration avec l’équipe : Dégradation des ARN et régulation génique chez Staphylococcus aureus (P. Redder), LMGM-CBI
    • Formation de Elwin Razic (M2)

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    Projets antérieurs:

    2022:

    - Etiquetage chromosomique de protéines du système FAS-II mycobactérien :
    •Technologie CRISPR, BSL2-BSL3
    •Collaboration avec Fabienne Bardou et Annaik Quémard, équipes : M. Daffé/H. Marrakchi et O. Schiltz, IPBS-CNRS/UPS
    •Formation de Pascaline Bories, doctorante IPBS-CNRS/UPS , 6mois
     
    - Préparation d’une librairie de plasmides de la banque ASKA :
    •Collaboration avec Cécile Albenne, équipe Regulation et Transport des protéines à travers les membranes cellulaires (R. Ieva), LMGM/CBI-CNRS/UPS
    •Intégration dans le service d’Anne-Marie Cirinesi, technicienne CNRS

    2021:

    - Analyse de mutants d’une glycoside hydrolase de Salmonella Typhimurium :
    •Technologies : clonages par restriction ou recombinaison de fragments PCR, analyses phénotypiques (biofilms, aggrégation,…), BSL2
    •Collaboration avec Samuel Tranier (MC UPS), équipe : Biophysique structurale (L. Mourey), IPBS-CNRS/UPS, Claire Dumon ( TBI-INRA/INSA) et  Isabelle Payant (ISP-INRAE/Université de Tours,)
    •Formation de Laura Vimenet (élève ingénieur ENSAIA, M2R)
     
    - Construction de mutants gyrB d’E. coli :
    •Technologie λ RED
    •Collaboration avec Etienne Giraud, UMR INTHERES (INRA/ENVT)
    •Formation d’Aurore Perault, doctorante UMR INTHERES (INRA/ENVT), 6mois
    •Publication 2022

    2020:

    - Construction d’une souche portant un système CRISPRi IPTG-inductible chez Streptococcus pneumoniae :
    • Technologie Clonages, CRISPRi, BSL2
    •Collaboration avec Nathalie Campo (CR CNRS), Isabelle Mortier (IR CNRS), équipe : Transformation du pneumocoque (P. Polard), LMGM-CBI Encadrement de Pierre Darles (L3 pro)
     
    - Construction de mutants d’une glycoside hydrolase de Salmonella Typhimurium:
    •Technologie λ RED, BSL2
    •Collaboration de Samuel Tranier (MC UPS), équipe : Biophysique structurale (L. Mourey), IPBS-CNRS et Claire Dumon (DR INRAE, TBI)
    •Formation de Samuel Tranier (MC UPS, CRCT 6 mois)

    2019:

    - Construction de plasmides navettes E.coli / S.aureus : vecteurs des outils CRISPRi chez Staphylococcus aureus:
    •Technologie: clonages
    •Collaboration avec l’équipe : Dégradation des ARN et régulation génique chez Staphylococcus aureus (P. Redder), LMGM-CBI
     
    - Construction d’un criblage CRISPRi de létalité synthétique chez E. coli: 2ème partie: Validation des gènes candidats issus du criblage 2018:
    •Technologie CRISPRi
    •Collaboration avec l’équipe : Régulation et transport des protéines à travers les membranes cellulaires (R. Ieva), LMGM-CBI
    •Publication 2021

    2018:

    - Construction d’un criblage CRISPRi de létalité synthétique chez E. coli:
    •Technologie Clonages, CRISPRi
    •Collaboration avec l’équipe : Regulation et transport des protéines à travers les membranes cellulaires (R. Ieva), LMGM-CBI et l’équipe : Biologie de synthèse, Institut Pasteur, Paris (D. Bikard)

    2017:

    - Localisation de séquences génomiques uniques par guidage CRISPR chez E.coli
    •Technologie Clonages, CRISPRi
    •Collaboration avec l’équipe : Recombinaison génétique et cycle cellulaire (J,Y, Bouet), LMGM-CBI
    •Publication
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    Missions de formation:

    Formations internes

    Des formations (acquisition de nouvelles compétences) sont régulièrement proposées aux personnels du LMGM.

    Formations internes proposées par le CNRS et l’Université Toulouse III – Paul Sabatier

    Formations internes proposées par le CBI

    Correspondante formation (CoFo) LMGM-CBI : Kamila BELHABICH-BAUMAS, bureau 122 – Email – tél. 05 61 33 58 18.

    Formations externes

    CNRS formation entreprises

    Notre service, fait partie des acteurs de la recherche proposant des formations en partenariat avec l’organisme de formation continue du CNRS: CNRS Formation Entreprises 

    Formations externes proposées :

    1 De la biologie moléculaire au génie génétique : théorie et pratique

    2 Production et analyse de protéines recombinantes

    3 CRISPRi : une application innovante de CRISPR pour la modulation de l’expression génique chez les bactéries

    4  (2024) Ingénierie du génome associée à CRISPR pour générer des mutations sans cicatrice chez les bactéries

     

    Publications

    Financements

     

    Anciens membres

    Camille PEYRE (apprentie)

    Céline BENOÎT (apprentie)

    Camille FILARDO (M1) ; Thomas DUPONTEIL (M1) ; Noémie DUTERTRE (L3)

    Lun CUI (post doc) ; François ROUSSET (PHD)

    David RANAVA (PHD)

    Pierre DARLES (L3 pro)

    Céline PELISSIER (tech)

    Laura VIMENET (ing)

    Aurore PERAULT (PHD)

    Pascaline BORIES (PHD)

    Tiraput POONPANICHAKUL (PHD)

    Ambroise JEZEQUEL (M1)

    L'institut

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    118 Route de Narbonne

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