Génomique des Systèmes Intégrés

Gwennaele Fichant


PR UPS
05 61 33 58 26

Membres de l'équipe

  LMGM

Thèmes de recherche

    Présentation

    Les systèmes biologiques résultent d'une histoire évolutive complexe, car les partenaires et/ou les relations entre eux peuvent avoir été gagnés, perdus ou remplacés au cours de l'évolution. Notre principal intérêt de recherche est d'utiliser les données génomiques pour clarifier l'histoire qui a façonné les processus cellulaires clés (gènes ancestraux, transferts horizontaux de gènes, gains/pertes de gènes) mais aussi pour fournir des informations fonctionnelles pour le travail expérimental. Nous abordons ces questions en réalisant des analyses génomiques comparatives avec des approches phylogénomiques.

    Génomique des Systèmes Intégrés équipe Fichant

    Depuis plusieurs années, à travers différentes collaborations avec des biologistes expérimentaux, nous avons focalisé nos études sur l'évolution des machineries de dégradation et de traitement de l'ARN chez les bactéries et les archées en réalisant de nombreuses analyses phylogénomiques sur les différents partenaires (ribonucléases, hélicases, ...). Plus récemment, nous avons initié une collaboration avec le groupe de Peter Redder pour comprendre la dégradation de l'ARN médiée par la RNase J chez les Firmicutes avec S. aureus comme organisme modèle, et pour évaluer la contribution des structures secondaires et des modifications 5' épi-transcriptomiques des substrats ARN à la régulation de ce processus. En plus des approches phylogénomiques sur les partenaires de la machinerie de dégradation, ce projet se concentre sur les substrats d'ARN et nécessite le développement de workflows originaux et d'analyses statistiques pour intégrer la spécificité des données RNA-Seq produites par l'équipe de P. Redder.LMGM

     

    Quentin_YvesBarriot_RolandLangendijk-Genevaux_PetraCaetano Tomas
    Gwennaele Fichant
    Professeur, UT3
    Yves Quentin
    CR1, CNRS
    Roland Barriot
    Maître de Conférences, UT3
    Petra Langendijk-Genevaux
    IE, CNRS
    Tomas Caetano
    Doctorant, UT3

    Projets

    Analyses à l'échelle du génome de familles multigéniques

    Homéostasie des ARN chez les Firmicutes

    Mécanismes de traitement de l'ARN chez les Archaea

    Publications

    Voir toutes les publications

    Financements

         

    Anciens membres

    Kathy DE SOUSA
    Michael CHANDLER
    Mathias WEYDER
    Arnaud FRECHE
    Virginie CALDERON
    Claire GAUGAIN
    Bénédicte WIRTH
    Marie-Jeanne BASSE

    Université Paul Sabatier
    118 Route de Narbonne

    31062 TOULOUSE Cedex
    France

    Annuaire général