Génomique des Systèmes Intégrés

Présentation

Les systèmes biologiques résultent d'une histoire évolutive complexe, car les partenaires et/ou les relations entre eux peuvent avoir été gagnés, perdus ou remplacés au cours de l'évolution. Notre principal intérêt de recherche est d'utiliser les données génomiques pour clarifier l'histoire qui a façonné les processus cellulaires clés (gènes ancestraux, transferts horizontaux de gènes, gains/pertes de gènes) mais aussi pour fournir des informations fonctionnelles pour le travail expérimental. Nous abordons ces questions en réalisant des analyses génomiques comparatives avec des approches phylogénomiques.

Depuis plusieurs années, à travers différentes collaborations avec des biologistes expérimentaux, nous avons focalisé nos études sur l'évolution des machineries de dégradation et de traitement de l'ARN chez les bactéries et les archées en réalisant de nombreuses analyses phylogénomiques sur les différents partenaires (ribonucléases, hélicases, ...). Plus récemment, nous avons initié une collaboration avec le groupe de Peter Redder pour comprendre la dégradation de l'ARN médiée par la RNase J chez les Firmicutes avec S. aureus comme organisme modèle, et pour évaluer la contribution des structures secondaires et des modifications 5' épi-transcriptomiques des substrats ARN à la régulation de ce processus. En plus des approches phylogénomiques sur les partenaires de la machinerie de dégradation, ce projet se concentre sur les substrats d'ARN et nécessite le développement de workflows originaux et d'analyses statistiques pour intégrer la spécificité des données RNA-Seq produites par l'équipe de P. Redder.

Gwennaele Fichant Professeur, UT3	Yves Quentin CR1, CNRS	Roland Barriot Maître de Conférences, UT3	Petra Langendijk-Genevaux IE, CNRS	Tomas Caetano Doctorant, UT3

Projets

Publications

• Le Scornet A, Jousselin A, Baumas K, Kostova G, Durand S, Poljak L, Barriot R, Coutant E, Pigearias R, Tejero G, Lootvoet J, Péllisier C, Munoz G, Condon C, Redder P.
  Critical factors for precise and efficient RNA cleavage by RNase Y in Staphylococcus aureus
  PLoS Genetics
  2024 Aug 1;20(8):e1011349. doi: 10.1371/journal.pgen.1011349. PMID: 39088561
• Batista M*, Langendijk-Genevaux P*, Kwapisz M, Canal I, Phung DK, Plassart L, Capeyrou R, Moalic Y, Jebbar M, Flament D, Fichant G, Bouvier M, Clouet-d'Orval B.
  Batista M, Langendijk-Genevaux P, Kwapisz M, Canal I, Phung DK, Plassart L, Capeyrou R,Evolutionary and functional insights into the Ski2-like helicase family in Archaea: a comparison of Thermococcales ASH-Ski2 and Hel308 activities
  NAR Genom Bioinform.
  2024 Mar 6(1):lqae026. doi: 10.1093/nargab/lqae026. PMID: 38500564
• Yiying Yang, Haoxiang Chen, Robin A. Corey, Violette Morales, Yves Quentin, Carine Froment, Anne Caumont-Sarcos, Cécile Albenne, Odile Burlet-Schiltz, David Ranava, Phillip J. Stansfeld, Julien Marcoux, Raffaele Ieva.
  LptM promotes oxidative maturation of the lipopolysaccharide translocon by substrate binding mimicry.
  Nature Communications
  2023 Oct
• Xu X, Usher B, Gutierrez C, Barriot R, Arrowsmith TJ, Han X, Redder P, Neyrolles O, Blower TR, Genevaux P..
  MenT nucleotidyltransferase toxins extend tRNA acceptor stems and can be inhibited by asymmetrical antitoxin binding
  Nat Commun.
  2023 Aug 14(1):4644. doi: 10.1038/s41467-023-40264-3. PMID: 37591829
• Soussan Diane, Salze Marine, Ledormand Pierre, Sauvageot Nicolas, Boukerb Amine, Lesouhaitier Olivier, Fichant Gwennaele, Rincé Alain, Quentin Yves, Muller Cécile.
  The NagY regulator: A member of the BglG/SacY antiterminator family conserved in Enterococcus faecalis and involved in virulence
  Frontiers in Microbiology
  2023 Feb doi: 10.3389/fmicb.2022.1070116

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Financements

Anciens membres

Kathy DE SOUSA
Michael CHANDLER
Mathias WEYDER
Arnaud FRECHE
Virginie CALDERON
Claire GAUGAIN
Bénédicte WIRTH
Marie-Jeanne BASSE