Génomique des Systèmes Intégrés

Gwennaele Fichant


PR UPS
05 61 33 58 26

Membres de l'équipe

  Professeur
  • Gwennaele Fichant
  LMGM

Thèmes de recherche

Présentation

Les systèmes biologiques résultent d'une histoire évolutive complexe, car les partenaires et/ou les relations entre eux peuvent avoir été gagnés, perdus ou remplacés au cours de l'évolution. Notre principal intérêt de recherche est d'utiliser les données génomiques pour clarifier l'histoire qui a façonné les processus cellulaires clés (gènes ancestraux, transferts horizontaux de gènes, gains/pertes de gènes) mais aussi pour fournir des informations fonctionnelles pour le travail expérimental. Nous abordons ces questions en réalisant des analyses génomiques comparatives avec des approches phylogénomiques.

Génomique des Systèmes Intégrés équipe Fichant

Depuis plusieurs années, à travers différentes collaborations avec des biologistes expérimentaux, nous avons focalisé nos études sur l'évolution des machineries de dégradation et de traitement de l'ARN chez les bactéries et les archées en réalisant de nombreuses analyses phylogénomiques sur les différents partenaires (ribonucléases, hélicases, ...). Plus récemment, nous avons initié une collaboration avec le groupe de Peter Redder pour comprendre la dégradation de l'ARN médiée par la RNase J chez les Firmicutes avec S. aureus comme organisme modèle, et pour évaluer la contribution des structures secondaires et des modifications 5' épi-transcriptomiques des substrats ARN à la régulation de ce processus. En plus des approches phylogénomiques sur les partenaires de la machinerie de dégradation, ce projet se concentre sur les substrats d'ARN et nécessite le développement de workflows originaux et d'analyses statistiques pour intégrer la spécificité des données RNA-Seq produites par l'équipe de P. Redder.LMGM

 

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Gwennaele Fichant
Professeur, UT3
Yves Quentin
CR1, CNRS
Roland Barriot
Maître de Conférences, UT3
Petra Langendijk-Genevaux
IE, CNRS
Tomas Caetano
Doctorant, UT3

Projets

Analyses à l'échelle du génome de familles multigéniques

Homéostasie des ARN chez les Firmicutes

Mécanismes de traitement de l'ARN chez les Archaea

Publications

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Financements

     

Anciens membres

Kathy DE SOUSA
Michael CHANDLER
Mathias WEYDER
Arnaud FRECHE
Virginie CALDERON
Claire GAUGAIN
Bénédicte WIRTH
Marie-Jeanne BASSE

Université Paul Sabatier
118 Route de Narbonne

31062 TOULOUSE Cedex
France


05 61 33 58 00

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