Les systèmes biologiques résultent d'une histoire évolutive complexe, car les partenaires et/ou les relations entre eux peuvent avoir été gagnés, perdus ou remplacés au cours de l'évolution. Notre principal intérêt de recherche est d'utiliser les données génomiques pour clarifier l'histoire qui a façonné les processus cellulaires clés (gènes ancestraux, transferts horizontaux de gènes, gains/pertes de gènes) mais aussi pour fournir des informations fonctionnelles pour le travail expérimental. Nous abordons ces questions en réalisant des analyses génomiques comparatives avec des approches phylogénomiques.
Depuis plusieurs années, à travers différentes collaborations avec des biologistes expérimentaux, nous avons focalisé nos études sur l'évolution des machineries de dégradation et de traitement de l'ARN chez les bactéries et les archées en réalisant de nombreuses analyses phylogénomiques sur les différents partenaires (ribonucléases, hélicases, ...). Plus récemment, nous avons initié une collaboration avec le groupe de Peter Redder pour comprendre la dégradation de l'ARN médiée par la RNase J chez les Firmicutes avec S. aureus comme organisme modèle, et pour évaluer la contribution des structures secondaires et des modifications 5' épi-transcriptomiques des substrats ARN à la régulation de ce processus. En plus des approches phylogénomiques sur les partenaires de la machinerie de dégradation, ce projet se concentre sur les substrats d'ARN et nécessite le développement de workflows originaux et d'analyses statistiques pour intégrer la spécificité des données RNA-Seq produites par l'équipe de P. Redder.
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| Gwennaele Fichant Professeur, UT3 | Yves Quentin CR1, CNRS | Roland Barriot Maître de Conférences, UT3 | Petra Langendijk-Genevaux IE, CNRS | Tomas Caetano Doctorant, UT3 |
Kathy DE SOUSA
Michael CHANDLER
Mathias WEYDER
Arnaud FRECHE
Virginie CALDERON
Claire GAUGAIN
Bénédicte WIRTH
Marie-Jeanne BASSE
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