Dynamique des Génomes : Stabilité, Transfer et Intégration dans le cycle cellulaire

Présentation

Les génomes bactériens sont composés d'un chromosome principal et d'une grande variété de réplicons secondaires. Ces derniers sont les acteurs principaux de la plasticité génomique par transfert horizontal de gènes, permettant l'adaptation des bactéries aux conditions environnementales, incluant l'acquisition de gènes de virulence ou de multi-résistances aux antibiotiques.

Notre équipe étudie les fonctions de maintien des réplicons bactériens dans diverses espèces bactériennes, leur intégration et régulation avec le transfert de gènes et le cycle cellulaire. Par une combinaison d'approches en génétique moléculaire, biologie synthétique, biochimie et microscopie à fluorescence couplée avec la modélisation bioinformatique et mathématique, nous étudions les mécanismes et la diversité des fonctions de maintenance, le contrôle du cycle cellulaire et des transferts de gènes par conjugaison et intégration, en incluant le modèle de microbiote intestinale du ver C. elegans.

Projets

Publications

• Quèbre V., Del Campo I., Cuevas A., Siguier P., Rech J., Le P.T.N., Ton-Hoang B., Cornet F., Bouet J.-Y., Moncalian G.*, de la Cruz F.* and Guynet C.* .
  Characterization of the DNA Binding Domain of StbA, A Key Protein of A New Type of DNA Segregation System
  Journal of Molecular Biology, 434(19):167752. doi: 10.1016/j.jmb.2022.167752. Epub ahead of print. PMID: 35868361.
  2022 Oct
• Hu, L., Rech, J., Bouet, J.-Y. & Liu, J.
  Spatial control over near-critical-point operation ensures fidelity of ParABS-mediated DNA partition
  Biophysical Journal
  2021 Sep
• Walter, J.-C., Lepage, T., Dorignac, G., Geniet, F., Parmeggiani, A., Palmeri, J., Bouet, J.-Y. and Junier, I.
  Models of supercoiled DNA interacting with an anchored cluster of proteins: towards a quantitative estimation of chromosomal DNA supercoiling
  PlOS Computational Biology. 17(4): e1008869
  2021 Aug
• Walter, J.-C., Rech, J., Walliser, N.-O., Dorignac, J., Geniet, F., Palmeri, J., Parmeggiani, A., and Bouet, J.-Y.
  Physical modeling of a sliding clamp mechanism for the spreading of ParB at short genomic distance from bacterial centromere sites
  iScience
  2020 Dec 2020.101861
• Sandra Daniel, Kelly Goldlust, Valentin Quebre, Minjia Shen, Christian Lesterlin, Jean-Yves Bouet and Yoshiharu Yamaichi.
  Vertical and Horizontal Transmission of ESBL Plasmid from Escherichia coli O104:H4
  Genes 2020, 11, 1207
  2020 Oct doi:10.3390/genes11101207

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Financements