Présentation
En tant qu'ingénieur d'études en bioinformatique, je conçois et développe des approches pour la réalisation d'analyses phylogénomiques et plus particulièrement pour l'analyse évolutive de systèmes biologiques composés de plusieurs partenaires et appartenant à de grandes familles multigéniques au sein des génomes des archées, des bactéries et de certains eucaryotes.
Je fais partie de l'équipe Génomique des Systèmes Intégrés (Fichant) ou je gère et entretiens les bases de données de génomes complètes de bactéries et d'archées, comme la base de données des systèmes ABC, ABCdb. Je participe dans un projet de recherche ANR CASPAR en collaboration avec l'équipe Biologie de l'ARN chez les Archées (Clouet-d'Orval). Dans ce projet j'effectue l'analyse phylogénomique des hélicases parmi les archées.
References Pubmed - Citations google scholar - Research gate
Publications
- D.K. Phung, C. Etienne, M. Batista, P. Langendijk-Genevaux, Y. Moalic, S. Laurent, S. Liuu, V. Morales, M. Jebbar, G. Fichant, M. Bouvier, D. Flament, B. Clouet-d’Orval.
RNA processing machineries in Archaea: the 5′-3′ exoribonuclease aRNase J of the β-CASP family is engaged specifically with the helicase ASH-Ski2 and the 3′-5′ exoribonucleolytic RNA exosome machinery
Nucleic Acids Research
2020 Feb - Manon Batista1, Petra Langendijk-Genevaux1, Mirna Hajj1,Duy Khanh Phung2, Laura Plassart3, Marie Bouvier1, Gwennaële Fichant1, and Béatrice Clouet-d’Orval1*.
The Archaeal Specific Helicase of the Ski2-like family, ASH-Ski2, is an authentic RNA helicase
2019 Dec en préparation - Duy Khanh Phung, Clarisse Etienne, Manon Batista, Petra Langendijk-Genevaux, Yann Moalic, Sébastien Laurent, Violette Morales, Mohamed Jebbar, Gwennaele Fichant, Marie Bouvier, Didier Flament, Béatrice Clouet-d’Orval.
RNA processing machineries in Archaea: the 5′-3′ exoribonuclease aRNase J of the β-CASP family is engaged specifically with the helicase ASH-Ski2 and the 3′-5′ exoribonucleolytic RNA exosome machinery
BIORXIV/2019/699629
2019 Jul - 2004 Jan Genevaux P, Keppel F, Schwager F, Langendijk-Genevaux PS, Hartl FU and Georgopoulos C. 2004. In vivo dissection of Trigger Factor and DnaK overlapping functions. EMBO Rep. 5:195-200.
