Présentation
En tant qu'ingénieur d'études en traitement des données biologiques par la bioinformatique (IEHC), je réalise des analyses génomiques comparatives avec des approches phylogénomiques. Le principal intérêt de recherche de notre équipe est d'utiliser les données génomiques pour clarifier l'histoire de l'évolution (gènes ancestraux, transferts horizontaux de gènes, gains/pertes de gènes) qui a façonné des processus cellulaires clés. Je fournis également des informations fonctionnelles sur les gènes pour les travaux expérimentaux. Mes organismes modèles préférés sont les archées et les bactéries, mais j'étudie également des espèces eucaryotes, y compris les humains.
Je fais partie de l'équipe Génomique des Systèmes Intégrés (Fichant) ou je gère et entretiens les bases de données de génomes c
omplètes de bactéries et d'archées, comme la base de données des systèmes ABC, ABCdb. J'effectue l'analyse phylogénomique des hélicases impliquées dans le métabolisme de l'ARN chez les archées, dans un projet de recherche ANR CASPAR en collaboration avec l'équipe Biologie de l'ARN chez les Archées (Clouet-d'Orval). Dans un projet de collaboration avec l'équipe de P. Redder, j'étudie également les hélicases impliquées dans le métabolisme de l'ARN du pathogène Staphylococcus aureus et d'autres Bacillota.
Je maintiens le site-web du lmgm avec son groupe de référent·e·s d'équipe.
Dans CBI 1point5 - mobilité je suis référente des vélos partagés du CBI, d'Allons-y à vélo et du Digital Cleanup Day.
References Pubmed - Citations google scholar - Orcid - ResearcherID - Research gate - LinkedIn - Thèse
Publication récente :
- Manon Batista † , Petra Langendijk-Genevaux † , Marta Kwapisz, Isabelle Canal, Duy Khanh Phung, Laura Plassart, Régine Capeyrou, Yann Moalic, Mohamed Jebbar, Didier Flament, Gwennaele Fichant, Marie Bouvier and Béatrice Clouet-d’Orval. Evolutionary and functional insights into the Ski2-like helicase family in Archaea: a comparison of Thermococcales ASH-Ski2 and Hel308 activities. NAR Genomics and Bioinformatics. 2024 Mar 18;6(1):lqae026. doi: 10.1093/nargab/lqae026. PMID: 38500564. † co-first authors.
- Hajj M*, Langendijk-Genevaux P*, Batista M, Quentin Y, Laurent S, Capeyrou R, Abdel-Razzak Z, Flament D, Chamieh H, Fichant G, Clouet-d'Orval B, Bouvier M. Phylogenetic Diversity of Lhr Proteins and Biochemical Activities of the Thermococcales aLhr2 DNA/RNA Helicase. Biomolecules. 2021 Jun 26;11(7):950. doi: 10.3390/biom11070950. hal-03365138. PMID: 34206878. *co-first authors
Publications
- D.K. Phung, C. Etienne, M. Batista, P. Langendijk-Genevaux, Y. Moalic, S. Laurent, S. Liuu, V. Morales, M. Jebbar, G. Fichant, M. Bouvier, D. Flament, B. Clouet-d’Orval.
RNA processing machineries in Archaea: the 5′-3′ exoribonuclease aRNase J of the β-CASP family is engaged specifically with the helicase ASH-Ski2 and the 3′-5′ exoribonucleolytic RNA exosome machinery
Nucleic Acids Research
2020 Feb - Manon Batista1, Petra Langendijk-Genevaux1, Mirna Hajj1,Duy Khanh Phung2, Laura Plassart3, Marie Bouvier1, Gwennaële Fichant1, and Béatrice Clouet-d’Orval1*.
The Archaeal Specific Helicase of the Ski2-like family, ASH-Ski2, is an authentic RNA helicase
2019 Dec en préparation - Hinz U; UniProt Consortium (incl Langendijk-Genevaux PS)..
From protein sequences to 3D-structures and beyond: the example of the UniProt knowledgebase.
Cell Mol Life Sci.
2010 Apr 67(7):1049-1064. doi:10.1007/s00018-009-0229-6 - UniProt Consortium..
The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010.
Nucleic Acids Res.
2010 Jan 38(Database issue):D142-D148. doi:10.1093/nar/gkp846 - Sigrist CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N..
PROSITE, a protein domain database for functional characterization and annotation.
Nucleic Acids Res.
2010 Jan 38(Database issue):D161-6. doi: 10.1093/nar/gkp885
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